本系之課程架構與設計，注重「技術」與「理論」二種性質課程之間的互補與進階，以技術課程為核心主軸，以培養優秀展演素質為目的。其環狀的課程架構第一層為「核心展演技術課群」（即「主修」、「副修」、「合奏」等課程）。第二層為「民間歌謠概論」、「民間器樂概論」、「說唱音樂概論」、「戲曲音樂概論」等課程，介紹民間音樂的樂種與形態。第三層的音樂史課群，由「臺灣音樂史」、「中國音樂史」、「中國近現代音樂史」、「西洋音樂史」等課程組成，建立學子「立足臺灣、放眼世界」的音樂史觀。第四層則以「原住民音樂」、「東方音樂」、「世界音樂」等在地文化認同的課程出發、進而擴大音樂視野，培養學生「綜觀四海、鍾情傳統」的音樂世界觀。第五層，亦即最外圍的廣面向課程，包含著四種性質的課群：「音樂學/音樂研究課群」、「技術理論課群」、「應用課群」及部分「技術課群」。由學生根據自我性向及興趣選擇課程、自行配課，以培養多元興趣與專長的學子。（參見下圖 ：「中國音樂學系課程分類屬性及主輔關係圖」）
